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皮內注射的免疫效果比肌肉注射要佳，如果單純只考慮到疫苗的效果，應該儘量用皮下注射。
但是由於一般的非活性疫苗的效果較差，為了提高效力，常常會添加增強免疫反應的免疫佐劑。如果把這種含有免疫佐劑的非活性疫苗接種於皮下，可能引起厲害的局部腫痛反應，甚至引起無菌性膿瘍。
肌肉的血流較豐富，注射入肌肉的疫苗不容易引發局部反應，故這類疫苗應該改以肌肉注射方式給予。