自1958年建院以來，臺北榮民總醫院外科部在首任主任張先林教授奠定的嚴謹軍醫教學體制下，始終扮演臺灣外科發展的領航者，數十年來，外科部秉持「精進醫術、造福病患」的使命，在臨床醫療、醫學研究與人才培育上持續創新突破，其發展歷程與臺灣多項醫療里程碑緊密相扣。

        1960年，俞瑞璋醫師團隊在直視下完成全國首例開心手術，為臺灣心臟外科揭開嶄新篇章；隨後盧光舜主任推動胸腔外科與心臟外科分科發展，並於1970年代引進肋膜胸腔鏡檢查技術與治療病態性肥胖的手術，開啟臺灣功能性外科的先河。

        1980年代，在沈力揚與張心湜兩位主任帶領下，北榮外科迎來器官移植與先進醫療技術發展的黃金時期，1983年研發出具國際專利的電腦監視經尿道前列腺切除術，1985年引進亞洲首臺體外電震波腎結石碎石機，並在1987年完成臺灣首例合法心臟移植手術，1989年執行臺灣首例腹腔鏡大腸切除手術，奠定臺灣微創外科發展的重要基礎。

        進入1990年代，雷永耀主任積極發展器官移植醫療，團隊於1991年完成亞洲首例單肺移植手術，並於2007年完成臺灣首例連鎖換肝手術；而心臟血管外科亦屢創紀錄，陸續完成東南亞首例左心室輔助幫浦植入手術，及亞洲首例「新伴心」電子式左心室輔助幫浦手術。2000年後，在魏拙夫、陳光國、許文虎等歷任主任接續領導下，外科部全面邁入微創與機器人手術新時代，林楨國主任任內（2013–2017年）推動北榮大腸直腸外科進入微創手術時代，建立標準化的手術流程與術後追蹤體系，提升整體醫療品質。

        馬旭主任任內（2017–2021年），外科部在重大醫療事件中，展現了卓越的醫療實力，例如八仙塵爆事件期間，馬主任領導團隊展現了國際級的皮膚移植與燒燙傷照護能力。他積極推動外科部與產業界合作，引進 3D 列印導引手術技術，並在整形外科的學術研究上，屢獲國家生技醫療品質獎（SNQ）肯定。由石宜銘教授率領的胰臟團隊，累積了逾千例傳統「胰十二指腸切除手術」（Whipple 手術）的豐富經驗。這項手術因解剖結構複雜，且風險極高，素有「外科手術之王」之稱，該團隊在2017年，即成功完成百例達文西機器手臂輔助的胰臟切除術，並創下「零死亡、幾近零出血」的完美紀錄，憑藉領先全亞洲的胰臟移植技術，該團隊於2018年榮獲SNQ國家品質標章銅獎。

        曾令民主任於2021 年至 2024 年擔任部主任，任內將「精準醫療」落實於外科體系，推動乳癌基因檢測輔助臨床治療決策，使北榮乳癌團隊在多項全球大規模臨床試驗中，始終位居領導地位。曾主任並曾獲頒「乳癌傑出研究獎」，帶領乳房外科團隊多次榮獲 SNQ 國家品質標章。

        姜正愷主任於2024 年接任部主任，致力於發展「數位化手術」與 AI 醫療，積極推廣達文西機器手臂在大腸直腸癌手術的應用，特別是在極低位直腸癌的保肛手術上，取得了突破性成就。在醫療品質與榮譽獎項方面，外科部各專科團隊，亦屢獲SNQ國家品質標章及國家生技醫療品質獎肯定，其中在2024年與2025年，胰臟團隊以「胰臟癌王剋星」為主題，整合化學治療、重粒子治療與精準手術，再度連續榮獲國家生技醫療品質獎（SNQ）銀獎，而胸腔外科則以「精準多樣性肺節結定位」榮獲國家生技醫療品質獎（SNQ）銅獎，展現外科團隊在創新醫療與臨床技術上的卓越成果。

        目前外科部在現任主任許瀚水教授(2025年迄今)領導下，持續精進發展。許瀚水教授不僅在胸腔外科領域享有盛名，更持續深化達文西機器手臂與數位醫療應用，結合大數據分析與精準定位技術，領導臺北榮總外科從傳統的手術時代，逐漸轉型為結合大數據與精準定位的現代醫學重鎮。