著作：

醫學著作：發表SCI 文章近 200篇, 消化系癌症、肝炎、幽門螺旋桿菌及微菌叢研究為研究主軸. 以第一作者或通訊作者發表SCI impact factor 超過20分原始著作15篇。

1. Cheng WY, Wu CY, Yu J. The role of gut microbiota in cancer treatment: friend or foe? Gut 2020 Oct; 69(10): 1867-76 (SCI, IF 31.793, 4/93; Gastroenterology & Hepatology).
2. Lee TY, Hsu YC, Tseng HC, Yu SH, Lin JT, Wu MS, Wu CY*. Association of daily aspirin therapy with reduced risk of hepatocellular carcinoma in patients with chronic hepatitis B. JAMA Intern Med 2019 May 1; 179(5): 633-40 (SCI, IF 44.409, 7/172; Medicine, General & Internal).
3. Yeo YH, Ho HJ, Yang HI…, Wu CY*, Nguyen MH. Factors associated with rates of HBsAg seroclearance in adults with chronic HBV infection: a systematic review and meta-analysis. Gastroenterology 2019 Feb; 156(3): 635-46 (SCI, IF 33.883, 3/93; Gastroenterology & Hepatology).
4. Hsu YC, Yip TCF, Ho HJ, Wong VWS, Huang YT, El-Serag HB, Lee TY, Wu MS, Lin JT, Wong GLH, Wu CY*. Development of a scoring system to predict hepatocellular carcinoma in Asians on antivirals for chronic hepatitis B. J Hepatol 2018 Aug; 69(2): 278-85 (SCI, IF 30.083, 5/93; Gastroenterology & Hepatology).
5. Yeo YH, Shiu SI, Ho HJ, Zou B, Lin JT, Wu MS, Liou JM, Wu CY*. First-line Helicobacter pylori eradication therapies in countries with high and low clarithromycin resistance: a systematic review and network meta-analysis. Gut 2018 Jan; 67(1): 20-7 (SCI, IF 31.793, 4/93; Gastroenterology & Hepatology).

法律專書：

1. 吳俊穎：現行醫療鑑定制度介紹及改革建議 (元照出版社，2014年12月出版)。
2. 吳俊穎、陳榮基、楊增暐、翁慧卿、賴惠蓁：實證法學：醫療糾紛的全國性實證研究(元照出版社，2014年8月出版)。
3. 吳俊穎、陳榮基、楊增暐、賴惠蓁、吳佳勳：清官難斷醫務事？醫療過失責任與醫療糾紛鑑定(ISBN: 978-986-255-187-5) (元照出版社，2013年7月二版)。
4. 吳俊穎、賴惠蓁、陳榮基：法官，我說明夠了嗎？醫師說明義務法院判決評析(ISBN: 978-957-9201-45-2) (橘井出版社，2010年7月出版)。