醫學研究部之職掌：
（一）醫學研究發展計畫之策訂、執行、研究經費分配與控制、成果收集統計及產學合作技術移轉。
（二）支援建教合作醫療院所有關醫學研究之相關業務。
（三）其他有關醫學研究事項。

組織架構：
1、本部設部主任一人，綜理部務。
2、醫學研究部分為基礎研究科、轉譯研究科及臨床研究科三個二級單位，設科主任一人。
3、 研究室共廿五個，設研究員、副研究員或醫師廿五人，負責研究實驗。
4、共同實驗室由本院臨床醫師依實驗需要申請使用，進行實驗。
5、公用儀器服務中心設特約副研究員一人，提供本院臨床醫師技術支援。
6、動物室、修護室、洗滌室為支援單位，其所需人員自本部員額內派充之。